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建筑企业的工程项目遍布全国，通常建筑企业会在项目所在地设立项目部，作为其派出机构负责工程项目的具体施工组织及管理。为适应营改增，建筑企业也应结合自身特点，充分考虑市场经营和项目经营管理下，改变企业集团多级法人、内部层层分包的组织架构及管理模式，压缩管理层级、缩短管理链条，降低税务管控风险。
结合营改增后的资质管理要求、工程项目组织模式及其业务流程调整方案，梳理下属子公司拥有资质的情况，并考虑资质较低或没有资质的子公司变为分公司。在市场法人主体数量足够的情况下，逐步将工程施工类三级单位变为领取非法人营业执照的分公司。
目前虽然有形动产经营租赁已经营改增，但建筑企业在施工建设过程中，外租设备时，所交易的设备租赁供应商多为个人（包括个体工商户）或挂靠公司，取得的发票主要为税务局代开的3%税率增值税专用发票或通用机打发票，造成建筑企业设备租赁支出相关进项税额难以抵扣或抵扣效率较低。
建筑现场制造的预制构件用于公司承接建筑工程的，不征收增值税。上述资质混凝土存在一定的税务风险，建筑业营改增后，可能会被认定为销售缴纳增值税。
由于增值税采用了环环抵扣的计税方式，避免了原营业税层层征税的弊端，所以，建筑业营改增后，从集团整体利益出发，努力降低集团公司的整体税负。成立专业的设备租赁公司，用以解决设备外部租赁难以取得的增值税专用发票无法抵扣此部分支出的进项税额。
在有效解决进项税抵扣问题的同时，也需要加强自身的进项税管理，做到应抵尽抵充分抵扣，降低自身增值税税负。
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